微生物在生长过程中，会将物质转换为代谢物，或者是转换为无害的物质。在生物化学的作用下，污染物可以转变成无污染物质。大自然中存在的微生物，气相物质一般因为浓度较低而不能实现生物化学反应，臭气的生物去净化过程通过生物除臭箱的过滤来完成。废气从塔底进入，经过填料段微生物吸附吸收恶臭物质转移到微生物体内，作为能量和营养物质在微生物代谢的过程中分解，转换为无害的化合物，在生物除臭箱内排出，完成生物除臭的过程。